武漢の新型コロナウイルスのゲノム配列
NCBIでゲノム配列が公開されています。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947 Wuhan seafood market pneumonia virusなので、日本語 …
バイオインフォマティクス
Deep Learningを活用したゲノム変異解析ソフト「DeepVariant」を動かしてみる
「DeepVariant」はGoogle Brain と Verily Life Sciencesが開発したゲノム変異解析用のソフトウェアです。2016年には、ゲノム変異解析の精度を競う「PrecisionFDA Tru …
バイオインフォマティクス解析でよく使う（かもしれない）gitコマンドのチートシート
現在いるブランチ名を表示する $ git branch –contains 変更されたファイルすべてをaddする $ git add -A 変更内容をコミット $ git commit -m “comment” mas …
バイオインフォマティクス解析でよく使う（かもしれない）awkコマンドのチートシート
2列目の値を表示する $ awk ‘{print $2}’ [ファイル名] 2列目の値が”foo”に一致する行だけを表示する $ awk ‘$2 == “foo”‘ [ファイル名] 2列目の値の合計を表示する $ awk …
STARとhtseq-countでRNAseq解析を行う
データの準備 解析対象とするfastqファイルをダウンロードしていきます。 SRA Toolkitをインストールしていない場合には、以下のコマンドでインストールできます。 $ wget https://ftp-trace …
中国で「ゲノム編集の双子」が誕生した件についてのまとめ
2018年11月２６日、中国の研究者 賀建奎副教授がゲノム編集の技術を人の受精卵に応用し、双子の女児を誕生させたと主張して話題になっています。 問題の動画： HIVに耐性を持った女児が生まれたと主張 遺伝子編集ベイビー …
バイオインフォマティクスにおけるパイプラインの構築にはどのフレームワークを使用すれば良いか
バイオインフォマティクス解析においては、多数のOSS(オープンソースソフトウェア)を組み合わせてパイプラインを構築することがよくあります。パイプラインの構築は、自分の好きな言語を選んで自己流で行うことも可能ですが、パイプ …
バイオインフォマティクスを始めるのにどの言語を勉強したら良いか
バイオインフォマティクスをこれから始める人にどの言語を使用したら良いかと質問されることがよくある。周りのバイオインフォマティシャンに質問してみると、たぶん返ってくる答えはPython, Perl, Rubyのいずれかだと …
ロングリードでのアセンブルは遺伝子予測結果にエラーが多く含まれる
ゲノム配列がまだ決定されていない生物種について新規にゲノム配列を決定する「de novoアセンブリ解析」では、第２世代シーケンサー(Illumin等)と比較して長いリード長が得られる第３世代シーケンサー(PacBio, …
メタゲノム解析
メタゲノム解析とは メタゲノム解析とは、微生物群を直接シーケンスし、網羅的に菌種や遺伝子を特定する解析のことです。糞便や皮膚、海洋や土壌等といったサンプルを対象として研究が進められています。解析の手法には大きく分けて、全 …