MinION, HiSeq, Saphyr Systemを使用して植物ゲノムをアセンブル

手順

  • MinIONの結果を使用してアセンブル(Ra, SMARTdenovo, wtdbg, Canuを使用、Raの結果を採用)
  • MinIONの結果を使用して3回ポリッシング(Racon)
  • HiSeqの結果を使用して3回ポリッシング(Pilon)
  • Saphyr Systemの結果と合わせてHybrid Scaffolding

結果

生物種 Brassica rapa Z1 (yellow sarson) Brassica oleracea HDEM (broccoli) Musa schizocarpa (banana)
Contig N50 5.5 Mb 9.5 Mb 10.0 Mb
Scaffold N50 15.4 Mb 29.5 Mb  36.8 Mb

1/4の染色体が1本のScaffold、66%の染色体が1本もしくは2本のScaffoldにまとまった。

参考情報

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