バイオインフォマティクス解析でよく使われるファイル形式

バイオインフォマティクス解析では様々なファイル形式が使用されています。ここでは、主要なファイル形式を紹介します。

• FASTAファイル: 塩基配列やアミノ酸配列を記述するための形式

⇒NCBIによるFASTA形式の説明

• FASTQファイル: 塩基配列とそのクオリティスコアをまとめた形式

⇒Illumina社によるFASTQ形式の説明

• SAM/BAMファイル: 配列をマッピングした結果を記述するための形式。

⇒Sequence Alignment/Map Format Specification

• GTF/GFFファイル: 遺伝子のアノテーション等を記述するためのファイル形式

⇒GFF3(GMOD)

• BEDファイル: ゲノム上に注釈をつけるための形式

⇒BED format(UCSC)

• VCFファイル: 変異検出の結果を記述するための形式

⇒The Variant Call Format Specification