中国で「ゲノム編集の双子」が誕生した件についてのまとめ
2018年11月26日、中国の研究者 賀建奎副教授がゲノム編集の技術を人の受精卵に応用し、双子の女児を誕生させたと主張して話題になっています。 問題の動画: HIVに耐性を持った女児が生まれたと主張 遺伝子編集ベイビー …
2018年11月26日、中国の研究者 賀建奎副教授がゲノム編集の技術を人の受精卵に応用し、双子の女児を誕生させたと主張して話題になっています。 問題の動画: HIVに耐性を持った女児が生まれたと主張 遺伝子編集ベイビー …
バイオインフォマティクス解析においては、多数のOSS(オープンソースソフトウェア)を組み合わせてパイプラインを構築することがよくあります。パイプラインの構築は、自分の好きな言語を選んで自己流で行うことも可能ですが、パイプ …
バイオインフォマティクスをこれから始める人にどの言語を使用したら良いかと質問されることがよくある。周りのバイオインフォマティシャンに質問してみると、たぶん返ってくる答えはPython, Perl, Rubyのいずれかだと …
ゲノム配列がまだ決定されていない生物種について新規にゲノム配列を決定する「de novoアセンブリ解析」では、第2世代シーケンサー(Illumin等)と比較して長いリード長が得られる第3世代シーケンサー(PacBio, …
メタゲノム解析とは メタゲノム解析とは、微生物群を直接シーケンスし、網羅的に菌種や遺伝子を特定する解析のことです。糞便や皮膚、海洋や土壌等といったサンプルを対象として研究が進められています。解析の手法には大きく分けて、全 …
バイオインフォマティクス解析では様々なファイル形式が使用されています。ここでは、主要なファイル形式を紹介します。 FASTAファイル: 塩基配列やアミノ酸配列を記述するための形式 ⇒NCBIによるFASTA形式の説明 F …
手順 MinIONの結果を使用してアセンブル(Ra, SMARTdenovo, wtdbg, Canuを使用、Raの結果を採用) MinIONの結果を使用して3回ポリッシング(Racon) HiSeqの結果を使用して3回 …
バイオインフォマティクスとは バイオインフォマティクス(Bioinformatics)は、生命情報科学と訳されることもあり、生物学のデータを情報科学の手法によって解析する学問および技術です。 生物学において大量のデータが …
次世代シーケンサーとは 次世代シーケンサーとは塩基配列を解読するための装置であり、Next-Generation Sequencingを略してNGSとも呼ばれます。 従来のシーケンサー(サンガー法、第一世代シーケンサー) …
De novoアセンブリ解析とは De novoアセンブリ解析とは、ゲノム配列がまだ決定されていない生物種について新規にゲノム配列を決定する解析です。 ショートリードによるアセンブリ De novoアセンブリ解析は、リー …