バイオインフォマティクス解析でよく使われるファイル形式
バイオインフォマティクス解析では様々なファイル形式が使用されています。ここでは、主要なファイル形式を紹介します。 FASTAファイル: 塩基配列やアミノ酸配列を記述するための形式 ⇒NCBIによるFASTA形式の説明 F …
バイオインフォマティクス
MinION, HiSeq, Saphyr Systemを使用して植物ゲノムをアセンブル
手順 MinIONの結果を使用してアセンブル(Ra, SMARTdenovo, wtdbg, Canuを使用、Raの結果を採用) MinIONの結果を使用して3回ポリッシング(Racon) HiSeqの結果を使用して3回 …
バイオインフォマティクス解析
バイオインフォマティクスとは バイオインフォマティクス(Bioinformatics)は、生命情報科学と訳されることもあり、生物学のデータを情報科学の手法によって解析する学問および技術です。 生物学において大量のデータが …
次世代シーケンサー
次世代シーケンサーとは 次世代シーケンサーとは塩基配列を解読するための装置であり、Next-Generation Sequencingを略してNGSとも呼ばれます。 従来のシーケンサー（サンガー法、第一世代シーケンサー） …
De novoアセンブリ解析
De novoアセンブリ解析とは De novoアセンブリ解析とは、ゲノム配列がまだ決定されていない生物種について新規にゲノム配列を決定する解析です。 ショートリードによるアセンブリ De novoアセンブリ解析は、リー …
リシーケンス解析
リシーケンス解析とは リシーケンス解析とは、ゲノム配列がすでに決定されている生物について、再度ゲノム配列を読み直すことで特定の個体が持っている変異（リファレンス配列とは異なる箇所）を検出する解析のことです。 変異の種類は …
RNAseq解析
RNAseq解析とは RNAseq解析とは、NGSを使用してRNAの発現量を定量したり検出を行ったりする解析のことです。 RNAの発現定量には、従来マイクロアレイが多く使われてきましたが、 ダイナミックレンジが狭い、クロ …
Illumina社がPacific Biosciences社を買収
Illumina社がPacific Biosciences社を買収することに両社が合意したとのこと。買収額はおおよそ12億ドル（約1350億円）。 解説 illumina社のショートリードシーケンサーは、ゲノム解析の低コ …